แพทย์จะใช้คลื่นเสียงความถี่สูงเข้าไปสลายต้อกระจกผ่านท่อขนาดเล็กที่สอดเข้าไปในดวงตาโดยเปิดปากแผลประมาณ 2-3 มิลลิเมตร คลื่นเสียงความถี่สูงจะทำให้เลนส์ที่ขุ่นมัวแตกออกเป็นชิ้นเล็ก ๆ และดูดเศษเลนส์ที่กลายเป็นชิ้นเล็ก ๆ ออกมาทางท่อ ขนาดเล็กที่สอดเข้าไป จากนั้นแพทย์จะแทนที่เลนส์ธรรมชาติด้วยเลนส์แก้วตาเทียมถาวร (intraocular lens หรือเรียกย่อว่า IOL) การผ่าตัดทำโดยการหยอดยาชาเฉพาะที่เพื่อไม่ให้ผู้ป่วยรู้สึกเจ็บ หรืออาจฉีดยา เฉพาะที่เพื่อทำให้เกิดอาการชาและป้องกันไม่ให้ดวงตามีการเคลื่อนไหว การ ผ่าตัดส่วนใหญ่ใช้เวลาระหว่าง 10-20 นาที

ภาวะแทรกซ้อนเกิดขึ้นไม่บ่อยครั้งและมักไม่รุนแรง อย่างไรก็ตามเช่นเดียวกันกับการผ่าตัดอื่นๆ อาจมีโอกาสเกิดความเสี่ยงได้ดังต่อไปนี้

1. อาการบวมของกระจกตา
2. อาการอักเสบของตา (ตาแดงและหนังตาบวม)
3. ใส่เลนส์แก้วตาเทียมไม่ได้
4. เลนส์ตกไปด้านหลังลูกตา
5. การติดเชื้อ สามารถใช้ยาปฏิชีวนะในการรักษาและในบางกรณีอาจต้องรักษาตัวในโรงพยาบาล
6. จอประสาทตาหลุดลอก
7. สูญเสียการมองเห็น

ทั้งนี้ ผู้ป่วยสามารถลดความเสี่ยงจากการผ่าตัดได้โดยการปฏิบัติตัวตามคำแนะนำของแพทย์ทั้งก่อนและหลังการผ่าตัด

ดังนั้น การใช้ femtosecond laser ในการรักษาต้อกระจกจึงมีข้อดีคือ ช่วยให้การผ่าตัดมีความแม่นยำและเที่ยงตรงมากขึ้น สามารถลดอันตรายจากโรคแทรกซ้อนจากการผ่าตัดได้ อย่างไรก็ดี การรักษาต้อกระจกด้วย femtosecond laser ก็ยังคงมีข้อจำกัดคือ ไม่สามารถใช้ในผู้ที่มีแผลเป็น ผู้ที่มีกระจกตาดำขุ่นมัวซึ่งแสงเลเซอร์ไม่สามารถทะลุผ่านได้ หรือผู้ที่ไม่สามารถขยายม่านตาได้